De structuur van Max Havelaar is behoorlijk complex. De verhaalstof van het centrale deel komt uit het “pak van Sjaalman”, en wordt in opdracht van de koffiemakelaar Droogstoppel door de Duitser Ernest Stern verwerkt tot een verhaal. Dat verhaal wordt omsloten door een zogenaamde “raamvertelling” in de vorm van toelichtingen en commentaar van opdrachtgever Droogstoppel.
Hier en daar heeft Multatuli in zijn haast misschien een steekje laten vallen. Zo is het nogal onwaarschijnlijk dat de Duitstalige Stern, die nog maar net in dienst is van Droogstoppel, meteen al in staat is zulk prachtig Nederlands te schrijven (ook al corrigeert Frits Droogstoppel de fouten). Of is het uiteindelijk toch Sjaalman die het grootste deel van het boek schrijft? Waarom anders stuurt Droogstoppel hem – op “zeer sterk” aandringen van Stern “een riem papier, een gros pennen, en een kruikjen inkt”?
Sommigen vinden het boek een complete chaos. D.H. Lawrence (1885-1930) noemde het in zijn (overigens prijzende) inleiding tot de tweede Engelse vertaling uit 1927 “the greatest mess possible”. Professoren als Marcel Janssens (1932-2013) en August L. (Guus) Sötemann (1920-2002) hebben juist integendeel proberen aan te tonen dat de structuur van Max Havelaar geniaal is. Het ene sluit het andere niet uit: ook wie een geniale structuur bedenkt, kan een steekje laten vallen.
Multatuli had met zijn keuze voor een raamvertelling een weldoordacht strategisch doel. In zijn brieven aan Tine licht hij dat verschillende keren toe. Bijvoorbeeld op 28 september 1859, als hij schrijft: “Welnu mijn boek is in den vorm van een karakter-roman of eene vertelling een protest tegen onze ellende. Maar ik schrijf het zoo dat het tevens eene onderhoudende lectuur wordt en dat zeer velen niet zullen gissen dat het eene officiële strekking heeft.”
Op 27 oktober 1859 krijgt Tine te lezen: “Je begrijpt als ik had uitgegeven: Klagt tegen het Ind: bestuur of zoo iets, dan had niemand mij gelezen. Ik laat ze nu lang in het idee dat ze eene half grappige, half ernstige vertelling lezen, en eerst als ik den lezer aan het lijntje heb kom ik uit den hoek met de hoofdzaak. Wie ruim halfweg is, weet nog niet dat het eene officiële zaak is die ik hun ingeef als een drankje. […] ik begin als een gekke roman, los en luchtig en zeer langzaam haal ik het lijntje in, zoodat het slot eigenlijk donder en bl. is.” Vandaar ook de dubbele titel. Met Max Havelaar wilde Multatuli de romanlezer(es) lokken, met Of de koffij-veilingen der Nederlandsche Handel-maatschappij de makelaars in koffie, want zij konden ervoor zorgen dat het lot van de Javaan echt verbeterde.
De gekozen strategie moest ook meehelpen om de gedroomde volksopstand op gang te krijgen, zoals blijkt uit een brief van waarschijnlijk 11 november 1859: “’t Is een drankje dat het publiek inkrijgt zonder het te weten. Als ik had geschreven eene aanklagt of eene verdediging, of eene memorie, had de minister het in een hoek kunnen gooijen. Nu zal het volk hem rekenschap vragen, en hij moet er wel notitie van nemen.” De bewuste verwarring die in het boek gecreëerd wordt tussen fictie en feiten, moest het publiek zelfs al klaarmaken voor een volgend boek, zoals blijkt uit wat Multatuli op 28 september 1859 aan zijn vrouw schreef: “[…] het volk moet in twijfel staan of het een roman is […]. De zaken die ik mededeel zijn toch zóó dat men er over moet twisten òf het waar is. Niets zal mij liever zijn dan dat men het betwijfelt. Daarop kan dan gebaseerd worden het uitgeven van bewijzen, die men lezen zal zoodra het in verband staat met eene kwestie over een veelgelezen boek, maar die niemand zouden interesseren als dat boek niet was voorafgegaan.” Het boek met de vier “Bewijzen dat de Javaan mishandeld wordt” verscheen in 1861 en droeg als titel Minnebrieven.