Multatuli heeft zijn boek naar eigen zeggen geschreven in zeventien dagen. Op 13 oktober 1859 was hij ermee klaar. In de talrijke brieven die hij in het najaar van 1859 naar zijn vrouw heeft gestuurd, heeft hij een aantal keren zijn drijfveren toegelicht. Op 11 november 1859, bijvoorbeeld, kreeg Tine te lezen: “Ik heb mijn boek geschreven met een dubbel doel: namelijk verbetering van den boel in Indie, en herstel van mijne positie.”
Toen Multatuli’s brieven na zijn dood gepubliceerd werden door zijn tweede vrouw Mimi (eigenlijk Maria F.C. Hamminck Schepel) (1839-1930) waren heel wat bewonderaars ontgoocheld over het tweede doel: Multatuli had blijkbaar niet alleen aan de arme Javaan gedacht, maar evenzeer aan zichzelf. Omdat uit de brieven ook nog bleek dat hij bereid was geweest om het boek niet te publiceren indien hij een nieuwe aanstelling in Nederlands-Indië zou krijgen, werd de ontgoocheling nog groter.
In Multatuli’s visie was er daarentegen tussen beide doelstellingen helemaal geen tegenstelling, maar integendeel een organische samenhang. Zolang men zijn aanklacht tegen de regent niet erkende als juist en dus zijn optreden als rechtvaardig, zou geen enkele ambtenaar zijn voorbeeld volgen. De toestand in Indië kon echter maar verbeteren als die ambtenaren juist wél zijn voorbeeld zouden volgen. Eerherstel voor de man die zijn plicht had gedaan was dus nodig voor een beter Nederlands-Indië. Maar er was nog een tweede weg naar verbetering. Als men Multatuli een hoge positie had willen geven in het bestuur van Nederlands-Indië, dan had hij van daaruit ondergeschikte ambtenaren kunnen aansporen om hun plicht te doen en klokkenluiders kunnen beschermen. Dat hij bereid was om in ruil Max Havelaar niet te publiceren bewijst dus hoezeer het hem om de Javaan te doen was en hoe weinig om zijn eigen roem.
Multatuli had gehoopt dat Max Havelaar zoveel verontwaardiging zou wekken in Nederland dat het volk in opstand zou komen en zou doen wat de overheid nagelaten had: eisen dat het lot van de Javaan verbeterde en dat Multatuli in ere werd hersteld. Die verwachting was wel erg naïef, maar dat ze niet vervuld werd, was in Multatuli’s ogen vooral de schuld van Jacob van Lennep. Die had er weliswaar voor gezorgd dat Max Havelaar gepubliceerd werd, maar hij zorgde er in een moeite ook voor dat het boek er ging uitzien als een roman en niet als een aanklacht én dat het weinig verspreid werd. Het eerste realiseerde hij door data en plaatsnamen gedeeltelijk te vervangen door puntjes, door een indeling in hoofdstukken aan te brengen en door al te kritische passages te schrappen. Het tweede bereikte hij door Max Havelaar uit te geven als een duur boek (ƒ 4 was in die tijd een heel bedrag), waarvan naar Multatuli’s mening veel te weinig exemplaren naar Nederlands-Indië verscheept werden.